Mungkin kalau dibandingkan dengan siapa pun, Galileo paling berjasa bagi lahirnya sains modern. Sengketanya yang terkenal dengan Gereja Katolik itu merupakan hal yang sentral bagi filsafatnya karena Galileo merupakan salah satu dari orang pertama yang berkilah bahwa manusia dapat berharap memahami bagaimana dunia berperilaku, dan bahwa kita dapat memahami hal-hal ini dengan mengamati Dunia nyata.
    Galileo telah lama yakin akan teori Copernicus (bahwa planet mengitari Matahari), tetapi baru setelah ia menjumpai bukti yang diperlukan untuk menopang gagasan itu, ia mulai secara terang-terangan mendukung teori itu. Ia menulis mengenai teori Copernicus dalam bahasa Italia, (bukan dalam bahasa Latin yang merupakan bahasa akademis), dan segera pandangannya mendapat dukungan luas di luar Universitas. Ini menjengkelkan para guru besar yang beraliran Aristotelianisme, yang bersatu melawan Galileo dengan membujuk Gereja Katolik agar melarang teori Copernicus.
    Khawatir akan hal ini, Galileo pergi ke Roma untuk berbicara dengan penguasa Gereja. Ia berkilah bahwa Kitab Suci tidak dimaksudkan untuk menguraikan segalanya mengenai teori ilmiah. Adalah biasa, demikian Galileo, bila kata-kata Kitab Suci tidak sesuai dengan akal sehat. Kata-kata itu bersifat kiasan belaka. Namun Gereja takut adanya skandal yang dapat melemahkan Gereja dalam perjuangannya melawan ajaran Protestan, dan karena itu melakukan tindakan represif. Gereja mengatakan bahwa teori Copernicus sebagai "palsu dan keliru" pada tahun 1616, dan memerintahkan Galileo agar tidak lagi "membela atau mengakui" doktrin itu. Galileo setuju untuk diam. Pada tahun 1623, teman lama Galileo diangkat menjadi Paus. Segera Galileo berusaha agar dekrit tahun 1616 dicabut. Ia gagal, namun berhasil mendapatkan izin menulis sebuah buku yang membahsa teori Aristoteles dan Copernicus, dengan dua syarat: tidak condong kepada pihak tertentu dan kesimpulannya haruslah bahwa bagaimanapun juga manusia tidak dapat menetapkan jalannya dunia karena Tuhan dapat menghasilkan efek-efek yang sama dengan cara-cara yang tidak terbayangkan oleh manusia, karena manusia tidak dapat membatasi kemahakuasaan Tuhan.
    Buku itu, Dialog Mengenai Dua Sistem Utama Dunia, selesai dan diterbitkan pada tahun 1632, dengan dukungan penuh para penyensor -- segera buku itu dielu-elukan di seluruh Eropa sebagai karya utama sastra dan filsafat. Segera Paus menyesal telah mengizinkan penerbitan buku itu, setelah menyadari bahwa orang menganggap buku itu sebagai argumen yang meyakinkan untuk mendukung teori Copernicus. Paus berkilah bahwa meskipun buku itu secara resmi direstui oleh penyensor, Galileo tetap saja melanggar dekrit tahun 1616. Galileo diadili di depan inkuisisi, yang menghukumnya dengan tahanan rumah seumur hidup dan memerintahkannya agar secara terbuka menyangkal teori Copernicus. Untuk kedua kalinya Galileo tunduk. Galileo tetap seorang Katolik yang setia, namun keyakinannya akan kemerdekaan sains tidak dapat dihancurkan. Empat tahun sebelum kematiannya pada tahun 1642, sementara ia masih di dalam tahanan rumah, naskah buku utamanya yang kedua diselundupkan kepada suatu penerbit Belanda. Justru karya inilah, yang berjudul Dua Sains Baru, bukan sekedar dukungannya terhadap teori Copernicus, tetapi malah dianggap sebagai genesis Fisika Modern. (Stephen Hawking, A Brief History of Time, 191-192)

    Kepribadian Isaac Newton bukanlah kepribadian yang menyenangkan. Pergaulannya dengan rekan-rekan akademisnya buruk. Sebagian besar masa menjelang akhir hayatnya diisi dengan perdebatan yang seru. Menyusul terbitnya Principia Mathematica, Newton menanjak sebagai tokoh terkemuka. Buku itu pasti buku paling berpengaruh di bidang Fisika. Ia diangkat menjadi ketua Royal Society dan merupakan ilmuwan pertama yang diningratkan.
    Segera Newton bersengketa dengan astronom kerajaan, John Flamsteed, yang sebelumnya memberinya data yang sangat diperlukan untuk buku Principia. Sejak itu Flamsteed menahan informasi yang diinginkan Newton. Newton tidak mau mundur. Ia berusaha agar dirinya diangkat dalam dewan pimpinan Observatorium Kerajaan dan kemudian mencoba memaksa agar data itu segera diterbitkan. Akhir-akhirnya ia mengatur agar karya Flamsteed dapat disita dan disiapkan utnuk diterbitkan oleh musuh bebuyutan Flamsteed, Edmond Halley. Tetapi Flamsteed mengadu ke pengadilan, dan nyaris gagal memenangkan perintah pengadilan untuk melarang penyebaran karya curian itu. Newton naik pitam dan membalas dengan menghapus secara sistematis nama Flamsteed dari dalam edisi baru buku Principia.
    Sengketa yang lebih serius timbul dengan filsuf Jerman, Gottfied Leibniz. Baik Leibniz maupun Newton secara terpisah mengembangkan cabang matematika yang disebut Kalkulus. Cabang ini mendasari kebanyakan Fisika Modern. Mesikupun sekarang kita tahu bahwa Newton menemukan Kalkulus bertahun-tahun sebelum Leibniz, ia menerbitkannya jauh kemudian. Terjadilah debat besar antara dua kubu, mengenai siapa yang lebih dahulu menemukan Kalkulus. Kedua kelompok pendukung membela jagonya dengan berapi-api. Namun mencolok bahwa kebanyakan karangan yang membela Newton, naskah aslinya ditulis oleh tangan Newton sendiri - dan hanya diterbitkan atas nama teman-temannya! Setelah perdebatan mencapai pada puncaknya, Leibniz membuat langkah keliru dengan meminta Royal Society memecahkan sengketa itu. Sebagai ketua, Newton mengangkat panitia yang 'tidak memihak' untuk menyelidiki. Kebetulan seluruh panitianya adalah teman-teman Newton! Tetapi itu belum semua: kemudian Newton menulis sendiri laporan panitia itu dan menyuruh Royal Society menerbitkan laporan, yang secara resmi menuduh Leibniz menyontek. Masih belum puas, ia kemudian menulis sendiri tinjauan ulang secara anonim mengenai laporan itu dalam majalah Royal Society. Setelah Leibniz meninggal, konon Newton menyatakan bahwa ia puas sekali telah 'mematahkan hati Leibniz'.
    Selama periode kedua sengeketa itu, Newton telah meninggalkan Cambridge dan dunia akademis. Ia aktif dalam politik anti-Katolik di Cambridge dan kemudian dalam parlemen. Akhirnya ia memperoleh satu kedudukan basah sebagai Pengawas Pabrik Uang Kerajaan. Di sini ia memanfaatkan bakat serta sarkasmenya dalam cara yang lebih dapat diterima dalam pergaulan. Misalnya ia berhasil dalam berkampanye melawan pemalsuan uang, dan bahkan berhasil mengusahakan beberapa orang dihukum gantung. (Stephen Hawking: Riwayat Sang Kala, 193-194)